Intervju: Mile Šikić, izvanredni profesor na FER-u
Molimo vas da se ukratko predstavite.
Rođen sam i odrastao u Zagrebu. Kada sam upisivao fakultete razmišljao sam upisati molekularnu biologiju, ali nekako je prevladao FER jer sam išao u srednju Tehničku školu. Desetak godina sam radio na FER-u kao zavodski suradnik na brojnim projektima vezanim za telekome i kasnije sam se odlučio baviti znanošću jer je to ono što me zanimalo. Sreo sam prof. Kristijana Vlahovičeka negdje slučajno i svidjelo mi se to što radi pa sam ga upitao hoće li biti moj mentor, i tako sam u tridesetima ušao u područje biologije, odnosno bioinformatike i spojio oba fakulteta. Trenutno radim kao izvanredni profesor na FER-u. Živio sam malo u Beču, i godinu dana u Singapuru.
FOTO: Katarina Skrbin
Surađujete s tvrtkom Oxford Nanopore Technologies od 2015. na uređaju za sekvenciranje MinION. Iz te suradnje se razvila metoda GraphMap?
Ne može se točno reći da surađujemo, oni proizvode uređaje za sekvenciranje, a mi smo među prvima vidjeli potencijal tih uređaja. Počeli smo raditi softver koji omogućava ovom uređaju da sastavi genome. Prednost tih uređaja je da možete dobiti jako dugačka očitanja što vam omogućava sastavljanje genoma. Prije su ta očitanja bila kratka. Evo, na primjer, zamislite da slažete puzzle i imate dvije mogućnosti da složite puzzle. Imate puzzle koje su jako sitne, ali jako točne i imate puzzle koje su jako velike, ali su malo zamućene. Ove velike vam je puno lakše složiti. I to je problem kod kratkih očitanja. Jako teško možete točno sastaviti genom jer neke regije koje se ponavljaju, koje izgledaju slično, ne možete im odrediti poziciju ako nemate očitanja koja su barem duža od njih. Te regije znaju bit desetak tisuća nukleotida, a postojeće tehnologije prije nanopora su pružale očitanja od 200-tinjak nukleotida. Greška u očitavanju prvih MinION Nanopore uređaja je bila oko 30%, a sada je ispod 10%. Mi ne radimo ništa s uređajem nego isključivo obrađujemo izlazne signale, pretvaramo u sljedove nukleotida i kasnije slažemo genome.
GraphMap je program za jednu od metoda sastavljanja genoma. Kod sastavljanja genoma imate dvije metode, prva je ako ste već prije nekako odredili taj genom. Tom metodom se očitanja nakon sekvenciranja neke druge jedinke te vrste lijepe na poznati genom. GraphMap je softver koji to radi, ali omogućava da to radite s podacima iz uređaja koji korist nanopore, a koji su u tom trenutku imali grešku 30% i zbog toga je to bilo prilično važno. Naš cilj je završiti priču o sastavljanju genoma čovjeka, ali ne lijepljem na poznati genom, nego sastavljanjem od početka, što je puno izazovnije.
“Ja sam općenito optimist što se tiče Hrvatske, ovo je zemlja koja nije loša za život.”
Kako to da se bavite raznim područjima, od istraživanja tržišta, sekvenciranja, istraživanja epidemija i slično?
Ima nekoliko stvari koje me zanimaju. Volio bih završiti tu priču sa sekvenciranjem. Zanimaju me i genetske mreže, kako razumjeti međudjelovanje gena, kako geni utječu jedni na druge i kako to zapravo utječe na fenotip. Sve to radimo uz pomoć bioinformatike i suradnje s biolozima. Čovjek treba raditi ono što najbolje zna. Mi radimo s algoritmima, strojnim učenjem i svim alatima koje imamo iz ovog područja da pokušamo razumjeti neki stvari iz biologije.
Jedna od stvari koja me zanima su i društvene mreže i utjecaj ljudi jednih na druge. Bavim se predviđanjem izbora, tj. rezultata na drugačiji način gdje zapravo ljude ne pitate za koga će glasati nego što misle kako će glasati njihovi prijatelji. Na taj način prikupite puno više informacija nego kada ih direktno pitate za koga će oni glasati. Predvidjeli smo neke rezultate koje drugi nisu.
FOTO: Katarina Skrbin
Partner ste u tvrtki Oraclum koja se bavi predviđanjem rezultata političkih izbora. Kako prikupljate podatke i utječe li izlaznost ljudi na izbore na vaše rezultate?
Podatke prikupljamo preko društvenih mreža. Dosadašnje metode su se većinom bazirale na fiksnim telefonima. A koliko ljudi ima fiksni telefon, koliko ih uopće koristi i tko će se javiti na njih osim starijih ljudi? Prednost ove metode je što makar ne možete doći do svih ljudi, vi znate kako razmišlja vaša baka koja nema društvene mreže i sl. i zapravo kroz vaše mišljenje, pokupite mišljenje ljudi oko vas. Većina ljudi koji odgovaraju na našu anketu su mladi, a mnogi od njih ne izlaze na izbore. Pokazalo se da to nije presudno za točne rezultate predviđanja.
FOTO: Katarina Skrbin
Zašto je sjedište tvrtke Oraclum u Cambridgeu?
Razmišljali smo i o SAD-u. No jedan od mojih partnera s kojim sam pokrenuo (Vuk Vuković) ovu tvrtku trenutno je na doktoratu u Britaniji pa smo se zato odlučili u ovom trenutku da nam je sjedište tamo. Puno je jednostavnije raditi poslove iz Britanije nego iz Hrvatske i lakše je doći do kontakata. Kada dolazite iz Britanije, puno je lakše razgovarati s ljudima nego kada dolazite iz Hrvatske, ljudi imaju više povjerenja, nažalost.
“Najosnovnija stvar prije svega je misliti pozitivno!”
Možete li nam reći nešto više o godini provedenoj u Singapuru?
Singapur je neobičan grad, kao da imate Švicarsku usred Azije. Oko Singapura je baš onako kako ljudi doživljavaju Aziju, a Singapur je sređen, čist, niska je stopa kriminala i ljudi relativno dobro žive. U Singapuru su većina Kinezi, ima jako puno Malajaca i Indijaca tako da postoji spoj različitih kultura što je vrlo zanimljivo. U Singapuru ima puno Europljana i Amerikanaca, znači mnogo različitih nacija. Singapur mi se jako svidio.
FOTO: Katarina Skrbin
Vjerujem da ste imali ponuda raditi i u inozemstvu. Zašto ste ipak ostali u Hrvatskoj?
Koje bi bile prednosti rada u Hrvatskoj?
Dobio sam ponudu za posao u Beču, i imao sam priliku ostati u Singapuru na institutu na kojem sam radio, ali nisam htio, prije svega zato što volim raditi na fakultetu. Meni je fakultet super mjesto zato što mogu raditi sa studentima, a na institutu ne bih mogao. Dodatno, FER je zapravo jedino mjesto u Hrvatskoj na kojem želim raditi.
Glavna prednost rada u Hrvatskoj meni osobno je moja obitelj. Hrvatska je još uvijek relativno sigurna zemlja i za odgajati djecu je sasvim u redu mjesto. Recimo, u Singapuru bi troškovi za školovanje djece bili ogromni i bilo bi teže sve organizirati jer imamo troje djece, a ovdje nam pomažu bake i tetke.
Što mislite o stanju poduzetništva u Hrvatskoj?
Mislim da je stanje sve bolje i da ima puno novih informatičkih tvrtki koje su jako zanimljive i kojima bi država trebala više pomoći, jer su oni ti koji mogu generirati novi rast. Trenutno najbrže rastući sektor je IT sektor. Jedna od osnovnih stvari je percepcija, mislim da ljudi misle da je ovdje puno lošije nego što zapravo je. Istina, puno ljudi odlazi, ali i to je dobro. Mislim da bi svi trebali provesti neko vrijeme vani, da shvate kako svijet funkcionira, da ga bolje razumiju i da jasnije vide dobre strane života ovdje. Kada ste cijeli život u Hrvatskoj ne znate što je dobro, ni što je loše u usporedbi sa svijetom jer ga niste vidjeli. Ja sam općenito optimist što se tiče Hrvatske, ovo je zemlja koja nije loša za život. Postoje mogućnosti i mislim da je najosnovnija stvar prije svega misliti pozitivno i onda vidjeti na koji način početi stvari mijenjati. Čovjek uvijek treba razmišljati što može sljedeće napraviti.
“Ljudi se obično boje probati, ali ne možete znati dok god ne probate. “
Kako uspijevate uskladiti sve obveze – rad na fakultetu i u tvrtki, i privatni život?
Mislim da bi to bolje bilo pitati moju suprugu nego mene, jer ona dosta toga povuče i imamo stvarno veliku podršku roditelja.
Čime se bavite u slobodno vrijeme?
Najviše volim jedriti. Pohađao sam školu jedrenja na Murteru jedno ljeto i tamo naučio jedriti. Kada imam priliku, jedrim s prijateljima. Uz to vozim bicikl i plivam kada stignem.
Što planirate sljedeće?
Stvari dođu spontano i mislim da nije važno puno planirati i pričati o tome, jednostavno nešto napravite i to je to.
FOTO: Katarina Skrbin
Koja je vaša inspiracija i motivacija?
Mijenjati stvari. Proći kroz život na zanimljiv način. Želim raditi neke nove stvari koje drugi nisu, probati napraviti nešto novo.
Sudjelujete na brojnim domaćim i inozemnim konferencijama i sličnim projektima. Što mislite o Inspire Me konferenciji?
Mislim da je to dobra ideja i da treba više takvih stvari koje će potaknuti ljude, pogotovo u Hrvatskoj gdje se ljudi vole povući i misliti da je sve loše i da se ništa ne može napraviti, što je skroz krivo. Mislim da je pravi trenutak za takve konferencije, a i poznanstva su jako bitna u bilo čemu. Ako želite raditi s nekim lakše je ako znate da je netko pouzdan. Puno lakše ćete ostvariti suradnju ako vas netko preporuči.
Imate li savjet za uspjeh za naše čitatelje?
Ne znam za uspjeh, ali postoji jedna stvar koja je meni bila veliko otkriće. Kada vidite neka znanstvena dostignuća, izgledaju vam savršeno i mislite da vi to nećete nikada moći. Ali jednom kada počnete raditi vidjet ćete da je to završno rješenje tek jedno od stotina nastalo u dugotrajnom procesu. To što izgleda sada sjajno uopće na početku nije tako izgledalo, bilo je puno neuspjeha i to zapravo čovjeku omogućava da kaže OK, mogu to i ja.
Ljudi se obično boje probati, ali ne možete znati dok god ne probate. Ima ljudi koji će to napraviti bolje i lakše, ali nemate dokaza da li će netko uspjeti ili neće, dok ne proba. Što god čovjek želi, mislim da apsolutno treba probati. Svojoj djeci često govorim da se ne trebaju bojati nešto pokušati. Jer kada nešto pokušate, dvije stvari vam se mogu dogoditi – da ne uspijete, tada ste nešto naučili ili da uspijete.
FOTO: Katarina Skrbin
